Na verdade não tem diferença... Mas de qualquer um dos lados, o fluxo de ar é muito afetado.
Já até fizeram uns testes aqui no fórum e quando é colocado um filtro de ar, tanto na frente quanto atrás do cooler, o fluxo diminui drasticamente.
Eu até usava uns filtros nos coolers do meu gabinete, mas agora que comprei uns que são mais fracos, tirei os filtros.
a diferença que tem é, se vc colocar o filtro de ar primeiro e depois o cooler, é que o cooler vai sujar bem menos, visto que vai receber menos poeira, assim vc tem menos trabalho na hora de limpar, até a vida util da ventoinha aumenta.
mas de qualquer forma, ainda vai refrigerar bem e manter o pc mais tempo limpo.
eu uso 2 filtros na lateral do meu 500r de 140mm e ele é muito bem refrigerado ( sharks blue de 140mm )