Enter The Matrix reproduz os movimentos de artes marciais com um sistema de combate que combina técnicas de socos e pontapés com 24 tipos diferentes de armas. Novatos podem avançar simplesmente apertando os botões Chute, Soco, Pulo e Ação (que funcionam tanto como bloqueio e ataque quanto como contra-ataque), mas vão sair perdendo se não explorarem a característica mais intrigante do jogo: o medidor de foco.
Mais do que outra demonstração das balas-paradas-no-ar-em-câmera-lenta que jogos como Max Payne e Dead to Rights surrupiaram do primeiro filme, o Foco permite que você desempenhe movimentos superpoderosos enquanto desacelera a velocidade da ação na tela. Simplesmente de um toque no botão Foco para dar início a esses ataques, que duram enquanto você tiver combustível no seu medidor.