Bem, os utilitários de disco dos fabricantes são bem interessantes, e possuem diversas funções que na instalação do SO não tem. Eu prefiro utilizar este utilitário de disco, onde já crio as partições que quero, o tamanho, o tipo (NTFS e FAT).
Por exemplo, quando na instalação do Windows é criada uma partição um pouco maior (ex. 60 GB), o sistema define automaticamente o sistema de arquivos NTFS. Não dá liberdade de escolha do tamanho do cluster também, opção esta que está presente nos utilitários de disco dos fabricantes. Fora a opção de fazer backup da MBR, zerar a MBR e outras coisinhas a mais.
Na minha humilde opinião, vale a pena sim usar um gerenciador de disco do fabricante do HD.
Grande abraço! :thumbs_up