O que de certa forma é correto, pois o agente representa a esfera municipal/estadual/federal e é essa que deve ser processada, do mesmo modo que você processa uma empresa privada.Na verdade há sim a possibilidade de um agente/servidor/membro do Estado ser processado, porém não diretamente pelo indivíduo que sofreu o dano, mas pelo Estado. Isso é chamado de ação regressiva e está previsto no artigo 37º, §6º da Constituição Federal:
§ 6º As pessoas jurídicas de direito público e as de direito privado prestadoras de serviços públicos responderão pelos danos que seus agentes, nessa qualidade, causarem a terceiros, assegurado o direito de regresso contra o responsável nos casos de dolo ou culpa.
Basicamente, no caso em questão, o indivíduo processaria o Estado (provavelmente o Governo Estadual do RS, pois o Corpo de bombeiros é do estado do Rio Grande do Sul, não do município de Santa Maria) pelo dano que teve em decorrência da omissão estatal, após todo o processo o Estado ressarce a vítima e em seguida ingressa com ação regressiva contra o agente/servidor responsável pelo dano (no caso em questão o bombeiro que concedeu indevidamente o alvará para o funcionamento da boate, caso comprovado o dolo ou culpa do mesmo).
Após a comprovação de dolo/culpa, o trabalhador responsável também deverá sofrer ação. Só que se tratando de Estado, a coisa fica mais complicada e demorada, quanto mais alto o cargo do sujeito.