Sistemas FAT32 e NTFS têm performance muito semelhante, conforme vários testes já mostraram (um perde aqui e depois ganha ali, enfim). As diferença práticas são que o NTFS suporta novas criptografias e arquivos com mais de 4GB, enquanto o FAT32 é menos vulnerável a corrompimento de arquivos (quem faz OC sabe bem disso) e permite acesso direto pelo prompt do DOS (que ainda é usado em algumas restaurações manuais). Se não me engano, pra Linux o sistema NTFS ainda está em modo experimental no que diz respeito à escrita, tendo apenas o modo leitura 100% suportado. O FAT32, por outro lado, tem suporte completo.
Por esses motivos recomendo ter a partição onde fica o Windows e programas de download (eMule, Flashget, Bittorren, etc.) em FAT32, pois assim evita que travamentos corrompam mais facilmente esses arquivos tão importantes e fragmentados. E as demais partições em NTFS para manipulação de ISOs de DVD e jogos.
O NTFS tem um sistema de indexação que pretende realizar buscas mais rápidas, mas, por outro lado, o acesso a disco com essa opção habilitada tende a ficar mais lento. Sempre desabilito aqui.
Falow!