No dia a dia a diferença entre um SSD e o M.2 não é tão relevante, particularmente não me preocupo se o Windows sobe em 10 ou 20 segundos, mas isso é coisa minha.
A grande questão é organizacional e subjetiva, aqui (por exemplo) tenho um SSD de 240GB só para o Windows e programas, isso é mais que suficiente pra mim e também facilita minha vida na hora de formatar o PC pois não preciso ficar me preocupando em salvar arquivos importantes que estejam no disco de sistema.
Por aqui Windows + programas essenciais (Adobe, Office, etc, etc.) consomem uns 120~130GB, se usasse o disco de 1TB (por exemplo) sobraria menos de 800gb para outras coisas.
Não menos importante, tenha em mente a forma que você usa o PC, o disco que contem o
Windows vai usar swap, ler/gravar arquivos temporários e etc então talvez seja interessante que jogos que precisam de maior throughput tenham um disco exclusivo, isso pode até dar uma melhorada e/ou estabilizada no framerate dependendo do título, e por aí vai....
Na real? Vai de cada um