Aqui no meu caso nunca usei diretamente o Media CreationTool para criar um pen driver bootável windows 10, sempre utilizei o creationtool para baixar o windows em formato ISO, e após isso utilizo o aplicativo Rufus para essa função, nele você tem mais opções sobre o processo, alem de poder escolher o formato de boot, (não sei se o creationtool já cria em formato UEFI, acredito que não).
Mais é possível sim criar a partir do app CreationTool, sobre a versão do windows, a versão você escolhe na hora da instalação esta certo, como a versão PRO, Home, e as demais....