Não tenho nenhum outro M.2 ou SSD que pudesse está compartilhando linhas pcie ou algo do tipo (mesmo sabendo que na próprio manual não diz que exista limitação em usar os slots m.2 em conjunto com as portas sata).
O Slot que fica próximo a CPU é ligado diretamente aos lanes controlados pelo CPU.
O segundo slot é ligado aos lanes controlados pelo chipset. Neste caso, sempre haverá uma velocidade menor mesmo. O chipset precisa lidar com muita coisa e ele esquenta consideravelmente, logo a performance das coisas gerenciadas por ele sofrerão.
Como dica, mantenha o SSD principal sempre conectado nos Lanes do CPU.