Tem problema sim e chama-se vibração. Essa configuração não precisa dessa horrível "gambiarra", um ventilador ligado na direção da placa mãe é mais eficaz, só não reclame do visual "favela".
O gabinete CM 690 II tem inclusive um espaço para a colocação de um fan de 80 fininho ali atrás, com abertura de grade no gabinete naquele local, com a fan fixada na grade e não na placa-mãe, entretanto quase ninguém usa...
No seu caso, com um gabinete e peças de primeira linha como o seu, não precisa desse fan aí não, que se fechar com a tampa pouca utilidade vai ter a não ser juntar poeira e vibrar justamente embaixo do processador.