Até hoje não há unanimidade sobre a forma correta de se aplicar pasta térmica. Geralmente a forma de aplicação muda de acordo com o "die" do processador/chip.
"Dies" retangulares o pessoal costuma passar um único fio longitudinal centralizado de pasta. Exemplo:
http://img254.imageshack.us/img254/5443/justenoughoi5.jpg
OBS: A imagem acima é apenas ilustrativa, mostrando a orientação de aplicação da pasta em dies retangulares. NA minha opinião, o cara poderia ter colocado um pouquinho mais de pasta ali.
Já em dies quadrados, eu costumo aplicar desenhando um X (xis) em casos de dies pequenos, ou se o die for muito grande, eu desenho um X e preencho o resto com mais uns pingos ou arestas. Exemplo:
http://www.cisco.com/en/US/i/300001-400000/330001-340000/334001-335000/334295.jpg ou
http://docs.oracle.com/cd/E19469-01/819-4359-19/figures/CH3-maint-54.jpg
Às vezes também gosto de espalhar toda a pasta uniformemente pelo die, principalmente se eu percebo que a base do dissipador não é tão bem lapidada (lisa) ou uniforme. Este é o caso da maioria dos disspadores de notebooks. Exemplo:
http://www.hardwarelogic.com/articl...0/ZeroTherm_ZT-100_Thermal_Grease_Install.jpg
A verdade é que não existe uma forma correta única. Cada formato e projeto de chip/processador pode se beneficiar de uma ou outra técnica. Por exemplo, processadores que possuem 2 ou 4 núcles, são dispostos de maneira diferente sob o die. Então tem que testar cada uma das formas para saber ao certo.
Colocar apenas 1 pingo no centro eu acho arriscado, principalmente em coolers de notebook onde a base do dissipador não aparenta ser tão uniforme e os parafusos não dão muita pressão contra o die. Você corre o risco da base não espalhar a pasta uniformemente pelo die do chip/processador. Por isso que na dúvida, nestes casos eu aplico uma fina camada uniforme em todo o die. Já em processadores de desktops, onde a base dos coolers costumam ser lapidadas e mais "lisas", onde vc pode encaixar melhor o cooler, aí eu um daqueles 2 primeiros jeitos que coloquei aqui.
O segredo muitas vezes não está nem na forma de se aplicar, e sim na quantidade. A pasta térmica deve servir apenas para preencher as imperfeições microscópicas na superfície do die do chip/processador com a base do cooler, aumentando assim sua área de contato. Aplicar pasta demais vc pode criar uma "barreira" isolante e ter o efeito justamente ao contrário do desejado. Aplicar pasta de menos vc corre o risco de não ter contato total das duas superfícies. Por isso a pasta deve ser aplicada na quantidade certa. A forma de aplicação é apenas para garantir que a pasta irá se espalhar de forma uniforme pelas superfícies. Por isso que eu disse: na dúvida, espalhe vc mesmo, usando preferencialmente uma espátula e tomando muito cuidado para não colocar demais.