No meu caso tenho apenas um ssd e sempre fiz overclock no sistema principal. Acho que o maximo que pode acontecer eh corromper alguns arquivos do windows que pode ser restaurado a partir de imagens ou outras formas como SFC /scannow.
Na grande maioria dos casos isso resolve, mas muitas vezes só reinstalando o Windows ou carregando imagem. Pra ter ideia, mesmo serviços e/ou instalações sem relação ao Windows podem ser prejudicados. Comigo aconteceu uma vez com o driver da Nvidia.
Nao gosto de me aventurar em overclocks muito brutos ou valores irreais. Todas voltagens e clocks pesquisei bem antes de alterar, ateh porque meu case e mobo dificultam demais pra limpar o cmos caso eu precise.
Por isso só compro mobos com botão externo de clear_CMOS.