Foi isso mesmo, no caso a minha é contribuinte de ICMS.As lojas online, no geral, colocam em cima do valor do produto o ICMS padrão do estado de onde elas vão emitir a nota. Como exemplo, que já citei, SP é 7%. Em 99% dos casos isso não da problema algum, pois os produtos são vendidos para consumidor final (Pessoa física) e pessoa física é isenta de pagar Difal (diferença de aliquota).
Se sua empresa é contribuinte de ICMS, ou seja, paga ICMS, você que paga a diferença.
Se sua empresa é isenta de pagar ICMS (que é o caso da empresa em que eu trabalho), a responsabilidade de pagar a diferença é do vendedor.
Então tem que avaliar cada caso, se a sua é o segundo, pode sim solicita que a diferença seja paga pelo vendedor. Mas o ideal é você deixa isso claro na hora da compra, então nenhum dos dois lado saem prejudicados.
No final acabou que o desconto foi minúsculo pois foi todo nessa diferença de aliquota, pra mim cnpj não compensa, melhor comprar no cpf mesmo.
Mas igual você falou, cada caso é um caso a se analisar.