Sim, zera tudo, mas exatamente por isso eu prefiro "zerar" antes, dar um boot e só ai reiniciar e fazer o flash.Sempre que faço flash pra mim zera tudo
Digo isso pois você esta com over no CPU, RAM, ajustes de tensão e etc, ai vc grava uma BIOS nova onde tudo vai estar Default (e com ajustes em diferentes menus), vai que da algum problema na primeira reinicialização... sei la, é coisa minha, não conheço a fundo como é o processo de gravação de BIOS enquanto o sistema esta ali rodando com todos os ajustes que você fez anteriormente.