Desde o ultimo update(pathfinder 1.2) voce pode adicionar waypoints ao galaxy map, seja pelo proprio Mapa ou pelo menu Descobertas. Esse video mostra como
Voce tambem consegue nos planetas deixar um "sinalizador" nos pontos que voce tem interesse em voltar no planeta e voce ve eles no horizonte como qualquer outro icone do jogo, como sua base por exemplo.
Alem disso, se voce seguir a linha do jogo pós updates de construção da base e inclusão de NPCs nela, os quais te darão algumas missões, durante a construção da sua base ela vai ter um teletransporter dentro dela. Voce ativa esse teletransporte em qualquer estação espacial em qualquer sistema, e volta imediatamente a sua base(voce e sua nave incluida). Assim, estabelecendo uma base, não importa aonde voce for, entrando em qualquer estação de qualquer sistema, voce sempre voltara a sua base.
Existe uma forma mais complexa de navegar via coordenadas, aonde voce pode encontrar outro sistema/planeta/base de algum amigo e ir até la visita-la. Embora o jogo não tenha multiplayer, a base de outros jogadores, encontrando esta, voce pode visitar e ver tudo que ela possue em seu interior.
Voce tambem pode adquirir um cargueiro e fazer dele sua base.