Realmente, o que você disse é totalmente pertinente. Mas a versão que você instala é de acordo com sua câmera, e sobre conter "instruções" sem suporte creio que não porque essa é a função do CHDK, liberar funções ocultas e há as versões adequadas a cada câmera. Realmente há o risco, mas não recomendo por exemplo utilizar aberturas superiores ou inferiores as da sua câmera porque força a parte física da câmera em questão, utilizar iso's elevadíssimos pode ter problemas com sensor, mas aí depende da utilização, particularmente utilizo apenas a função Raw, iso 10, ou então velocidades baixas de longa exposição não suportada pela câmera como por exemplo 1 minuto, 5m, 10m, etc, ou altas velocidades para capturar um salto como 1/8000, 1/10000.
Muito Bom seu comentário, utilizo CHDK desde janeiro e nem lembrava mais dos riscos, foi bom ressalta-los para deixar os usuários cientes.
Link dos Desenvolvedores do CHDK, caso forem instalar o software baixem deste site que é o Oficial:
http://chdk.wikia.com/wiki/CHDK