Eu estou com um problema parecido, e mesma placa, porém, no meu caso, as USBs 3.0 não estão funcionando para teclado, mouse e Headset. Elas só funcionam para o pendrive. Simplesmente, pararam de funcionar do nada. Estavam funcionando perfeitamente.
Já tentei algumas coisas, porém, nada...