PESSOALMENTE, eu gosto de dar wipe até no internal storage, pra não ficar nada mesmo, aí depois de instalar a rom vou no twrp de novo, wipe e seleciono só o internal storage. aí apaga tudo mesmo.
Quando vc faz um wipe no cartão SD o sistema também apaga o arquivo Zip com a instalação do novo sistema? Queria fazer uma limpeza completa no celular, mais fico com receio de não conseguir copiar o arquivo de instalação depois