Na outra placa mãe a porta frontal do gabinete funcionava normalmente?
A nova placa mãe reconhece o pen-drive 3.0 na BIOS, por exemplo para instalar o Windows?
Está usando uma instalação limpa/nova do Windows?
Drivers de chipset e controladores USB estão atualizados? (AMD e outros, tipo ASMedia... Realtek...).
Tente mudar os ajustes de USB na BIOS.
Atualize a BIOS.
Descobri aqui, o cabo azul usb 3.0 que vai na placa mae tava colocado invertido, nao sei como o conector entrou na placa, ai eu coloquei certo e os usb 3.0 frontais funcionaram certinho
