cara, caso isoladissimo esse teu, aqui nao tive problemas, nem com o iphone 4 nem com o ipod 2g que eu tinha...
ja tentou utilizar outros programas?
iphone explorer
SharePod
http://www.simplehelp.net/2007/07/08/10-alternatives-to-itunes-for-managing-your-ipod/
se nenhum destes de certo, pode utilizar o disk aid no pc e algum gerenciador de arquivos no pc, como o file app pro ou ifiles
creio que o itunes te fará falta na hora de algum update, de resto da pra fazer tudo isso com outros programas tranquilo! nao sei se tem algum que da pra fazer update tambem!
ja to começando a crer que deve ser outro problema isso, nao com o itunes na sua maquina! algo com as usb ou até mesmo o cabo que veio com teu iphone! sei que é chato, e com certeza decepcionante comprar algo e nao funcionar como esperado, mas voce pode levar seu telefone na assistencia tecnica pra verificar, ou tentar sincronizar ele em outra maquina pra testar so pra tirar a duvida da usb!