geralmente quando se instala ou atualiza uma rom, voce instala junto o kernel dela... pois a rom precisa do kernel, entao ela sempre vai ter a sua versão! seja atualizada ou não.
então se você usa um kernel alternativo, tem que reinstalar ele toda vez que instalar ou atualizar a rom.
o kernel trata das instruções de como seu hardware vai trabalhar em cima do sistema... ja a rom fica por conta apenas do sistema.
mas pra que diabos instalar um kernel alternativo?
um kernel alternativo(entenda-se por não oficial) lhe da liberdade de mexer nas suas opções, fazer underclock e undervolt por exemplo. e geralmente são otimizados, já vem com configurações que tonificam um ponto, como desempenho, consumo de bateria, balanceado, e pode ter addons como melhorar o som e tela... etc...
e por que diabos instalar uma rom? diferente(entenda-se não oficial) elas sao otimizadas e por ventura customizadas ou pré dispostas a isso, tem menos lixo digamos assim, e vem com correções de possíveis bugs das versões originais... o defeito e que elas podem ter bugs também! mas cada caso e um caso.