Tanto Nioh quanto Souls possuem combates baseados em stamina, já Ninja Gaiden não, logo, acredito estar mais próximo do primeiro que do segundo, porém a sua comparação também é válida, sobretudo no que diz respeito às skills e transformação dos yokais.
Vale lembrar que o próprio diretor do Nioh afirmou que o jogo se inspirou nas mecânicas da série Souls lá em 2016, daí surgiu a sua classificação como Souls-like:
gamingbolt.com
Mas isso tudo é discussão boba, eu acho que o Nioh é um jogo com elementos próprios o suficiente para sair do campo do Souls-like.