O que eu entendo (mas posso estar errado):
Apenas os jogos que utilizam massivamente o PhysX dão a opção de escolher onde você quer que esses cálculos sejam feitos. Caso contrário, se o jogo pegar leve no PhysX, então vai direto na CPU...depende de como o jogo ou aplicativo foi desenvolvido/programado.
SLI ativo e escolhendo GPU1, GPU2, GPU N, CPU ou automático para PhysX: Quando houver necessidade (quando o jogo demandar = fizer uma chamada ao SDK da engine do PhysX) então vai utilizar a GPU1, GPU2, GPU N CPU ou vai escolher uma dessas fontes de acordo com algum algorítimo de load balance ou algo assim (modo automático). Nesse caso a GPU escolhida teria que lidar tanto com o processamento gráfico quanto com o processamento do PhysX.
Dedicando GPU1, GPU2, GPU N ao processamento do PhysX, vai desabilitar seu SLI porque aquela GPU não vai lidar com mais nada além do PhysX.
No caso da sua dúvida, a CPU pode estar em 100% mas devido ao fato de você estar rodando o 3DMark em sí, e não o teste de PhysX. Fica fácil distinguir qdo é a CPU processando o PhysX e quando é a GPU. O diferença na pontuação é brutal...até os FPS da cena do teste aumentam muito.