1- Se essa presunção fosse verdade significaria que nenhuma inferência ou dado sobre ele seria possível, logo conceitos como pecado contrariando uma suposta vontade divina, como venerar outros deuses por exemplo, não seria possível, se deus está além da compreensão humana com base em quê vocês se autoproclamaram seus supostos representantes ditando o que supostamente seria a vontade dele? Como você sabe que ele não gosta da inveja mas admira a fé? O fato é que esse "estar além da compreensão", "ser transcendente", "blá-blá-blá" é um mero escapismo quando as perguntas lógicas são feitas demonstrando o quão fracos são seus fundamentos.
Existem elementos fora da nossa compreensão, existem perguntas que a ciência não responde, talvez até exista um criador do universo, ninguém sabe mas a versão religiosa dessa divindade e seu livro sagrado não estão além da compreensão, da crítica e da conclusão óbvia a respeito de sua falsidade quando dispomos dos dados e conhecimento da modernidade.
2- Partindo da premissa que a vida foi uma criação deliberada e tivemos como resultado esse planeta e essa história natural então deus seria responsável por todas as desgraças, dor, sofrimento, morte e tragédia que esse mundo conheceu em todos os bilhões de anos de sua existência, o pecado por assim dizer não seria de responsabilidade do ser humano e nem de qualquer outro ser senão do deus criador, a menos é claro que você queira colocar a culpa de terremotos e trilhões de seres nocivos a toda a vida como conhecemos nas costas das pessoas muito antes delas sequer existirem, o que leva a perguntar outra vez, qual o tal pecado do coração do homem afinal de contas uma vez que nossa espécie é só mais uma a sofrer na suposta criação divina?
Você está confuso sobre muita coisa e seus argumentos demonstram isso.
Como eu venho dizendo aqui em posts anteriores não é possível explicar a pessoal de Deus através da forma humana e isso não é escapismo. Pode bater nessa tecla o quanto quiser. Deus é um ser que foge da lógica humana que é limitada e sempre será.
Agora, logicamente você pode contemplar sua existência através da própria criação: Homem, mulher, DNA, perfeição do funcionamento do corpo humano, vida animal, vegetal, o próprio universo observável e por ai vai. Como dito antes e os ateus voluntariamente se omitem é dizer que acreditam que nós viemos do acaso ou de uma explosão o que também requer bastante fé.
Então veja o embaralhamento que você cometeu: É possível provar a existência de Deus através das coisas que ele criou, mas não é possível explicar Deus através da lógica humana, transcende isso.
Quanto a parte que você reconhece que a ciência é limitada e que a modernidade exclui o conhecimento bíblico é outro embaralhamento.
Note que, a ciência, como você mesmo reconhece é limitada e partindo dessa premissa, é passível de estar tremendamente enganada quanto a afirmação categórica sobre a inexistência de Deus, ainda que, a pessoa de Deus não seja explicada pela ciência humana ou lógica humana. A ciência um dia poderá trilhar outro caminho que reconheça a existência de Deus como uma unanimidade, mas ainda terão muitos que não aceitam a ideia de um ser supremo e que um dia terão de prestar contas à Ele.
Por outro lado a Bíblia tem várias profecias (contrárias aos outros aludidos deuses) que foram cumpridas atestando o único Deus criador que é o Deus da Bíblia.
É verdade o que você diz acerca de que a Bíblia não está além da compreensão humana. Ora a Bíblia é a palavra de Deus explicando ao homem como todas as coisas ocorreram e irão ocorrer. Como Deus enviou seu filho para redimir os pecados da humanidade e salvar a todos. São várias profecias cumpridas ao longo dos séculos que atestam a veracidade da bíblia.
Respondendo ao seu último ponto sobre Deus ser o responsável pelas desgraças da humanidade é preciso esclarecer que primeiro o seguinte ponto: "É fácil criticar sem procurar entender".
Deus deu ao homem intelecto e, com isso, capacidade de fazer escolhas. O homem não é um robo.
A partir do momento que o homem desobedeceu a Deus perdemos a comunhão intima com ele e com isso o pecado que pode ser resumido em tudo aquilo que desagrada a pessoa de Deus tem reinado no mundo por livre escolha do homem que decide matar, cobiçar, maltratar o próximo e etc...
Deus tem um plano para restaurar a comunhão entre ele e o homem que foi consumado com a morte de Jesus Cristo.
Quanto aos terremotos e essas coisas a bíblia ensina que desde que o homem caiu em pecado TODA a criação sofre, isto é, tudo que foi criado por Ele foi corrompido através do pecado do homem - lembre-se que o homem foi criado no paraíso onde a morte sob nenhum aspecto da criação reinava - e com isso várias consequências ruins foram desencadeadas.
A questão mais profundas que podem explicar a razão desses desastres naturais, mas noto que há muita confusão e provavelmente uma revolta muito grande acerca de um ser que você critica tanto mas que pouco conhece ou procura conhecer. Tente ler a bíblia buscando respostas para suas indagações que certamente serão respondidas.
Mas em momento algum eu quis explicações de Deus.
A questão que trouxe é a de que as pessoas (de modo geral) acreditam que livros são inspirados por Deus, simplesmente pq alguém disse que esses livros foram inspirados por Deus.
Deus pode existir e a Bíblia não ter sido inspirada por ele.
Homens comuns sem acesso a ele podem ter escrito um livro e atribuído inspiração e vcs só tem a palavra desses homens de que este livro foi inspirado por Deus.
Deus (se caso existe) pode estar além da lógica, mas esse comportamento em relação a Bíblia e outros livros sagrados está abaixo da lógica.
A questão da Bíblia se demonstra pela exatidão das suas profecias. Isso por si já é algo de absurda relevância para crer nela e que a mesma foi escrita por homens inspirados por Deus, como é dito nela.
Quanto a sua outra questão sobre a existência de outras civilizações isso é verdade. Existiram outras civilizações que padeceram no dilúvio, restando somente a família de noé. A bíblia deixa isso bem claro.