Não sei responder com certeza, mas acho que vai depender do que já está instalado ou não. Pelo que eu pude ver aqui, de tanto atualizar essas joças aqui em casa.
O que tiver instalado vai ser reinstalado. O que não estiver, não vai continuar, a não ser que você instale usando algum tipo de repartição de recuperação de fábrica.
Eu fiz essa opção uma vez e não veio nada, só o que o Windows "manda". Uma outra vez, eu fiz só com os arquivos pessoais e mais nada. Nem as configurações. E só manteve os arquivos.
Se esses montes de programas/aplicativos estiverem instalados, acho que ele vai acompanhar, se não, ele vem limpo.
Se fosse eu, eu instalar normal no SSD. E formatava o HD, só por segurança mesmo. Pois provavelmente, muitos arquivos "spam" estão no HD e provavelmente vão continuar rodando no fundo.