Pensei em fazer isso, mas aí vem alguns poréns:
-Além de estética, tem a função de dissipar o calor, coisa que o acrílico não faria.
-Ajuda a evitar um possível empenamento, mas pra isso, um acrílico de 3mm seria necessário, mas ficaria meio grosso. Não sei se um de 2mm ficaria bom.
Acredito que você possa usar o esquema que a EVGA fornece para a troca de parafusos (quais podem ser trocados). Aí você tira um deles e vai numa loja pra tentar achar um com o mesmo fio de rosca, mas mais comprido.
Pra não ter contato com o PCB ou outros componentes, você pode usar
o-rings. E quanto a temperatura, pode ficar tranquilo que o acrílico não vai derreter.
Se o acrílico for esse de 3mm, você pode escarear a parte de cima, assim a cabeça do parafuso não ficaria pra fora. Eu te mostraria um exemplo que fiz numa janela de gabinete, porém o tópico foi excluído numa das migrações de servidor.
Bom, essas foram minhas ideias. Talvez um dia eu coloque em prática (se a vontade bater forte).