E se criar duas redes separadas?
Uma para comércio e residências, sem encanamento passando pelas áreas de poluição e outra exclusiva para a zona industrial.
A única coisa que seria um problema é o esgoto. Mas eu nem sabia que dava para fazer uma tubulação separada da água, então é só levar o esgoto embora.
A poluição aí deve ser do solo, não dá água. Poluição do solo gera doenças. Se estiver perto da água que abastece a cidade, aí sim vai poluir a água.
Na minha cidade a tubulação é única e passa por áreas bem poluídas, mas a cidade está com 0% de doença. Agora que o solo contaminado está chegando perto da zona comercial vou ter problemas.