Tanto faz, mas Phantom Liberty é meio que paralelo à main quest. Como já foi dito acima, a CDPR espera que você comece Phantom Liberty quando você completa a main quest para os Voodoo Boys (se você tiver começando uma run do zero não dá pra iniciar a expansão antes desse ponto, mas pode deixar pra bem depois). É claro, você não é obrigado a seguir essa sugestão da CDPR.
Você pode pedir o reembolso dos pontos de perk (acho que em português eles são chamados de 'pontos de vantagem') infinitamente, sem custo algum, contanto que o perk em questão não dependa de outro (nesse caso, você precisa primeiro reembolsar esse outro perk).
Os pontos de atributos são menos flexíveis, e você só pode resetá-los uma vez por run. Eu não me preocuparia com isso, é extremamente difícil "brickar" uma build nesse game, como acontece em CRPGs mais hardcore.
A imagem abaixo mostra a distribuição dos meus atributos apenas como referência. Sou level 58, mas lá pelo level ~30 eu já tinha maximizado os dois atributos principais da minha build: Inteligência e Moral (Cool). Habilidade Técnica em 20 e Corpo em 15 são completamente bônus. Minha build não precisa desses atributos, mas eles e seus perks trazem muito mais flexibilidade e variedade para a build.
Depende da sua build. Você pode usar quickhacks. Usar sniper ou stealth pra matar eles primero. Atordoar eles com flashbangs. Katanas. Sandevistan. Etc.